La chiesa e il convento francescano di San Piero in Bagno vantano antiche origini. Entrambi furono edificati a partire dal 1552, a seguito della donazione ai frati francescani di un appezzamento di terra, da parte della comunità di San Piero in Bagno.
Il convento, la chiesa ed il campanile furono distrutti dal terremoto del 1918 e i lavori di ricostruzione ripartirono nel 1919. La chiesa tornò agibile solo nel 1941, quando fu di nuovo aperta al culto.
L’edificio è composto da un’elegante struttura a tre navate, con finestre vetrate ed istoriate. Qui è custodito il settecentesco organo del veneziano Gaetano Callido, che è stato restaurato nel 1948 e ampliato nel 1981. Nel 1978 il complesso subì un intervento di ristrutturazione: in questa occasione fu ritoccata la zona del presbiterio, per conformarla alle nuove norme liturgiche, e vennero recuperati antichi manufatti, quali colonne, capitelli e sculture.